昭和34年、農林省北海道農業試験場畑作部として設置され、畑作農業の総合的な研究機関として整備されてきました。
平成13年、独立行政法人北海道農業研究センター・畑作研究部に移行しました。
北海道の大規模畑作農業を、新しい環境保全型で持続的、高収益にするための新品種の育成、栽培から加工利用までの技術開発研究を行っています。